管理辦法的第三十九條和第四十條分別針對“未按規定報告處罰”和“未履約處罰”進行了規定。兩條處罰規定對于經濟處罰方面僅規定最高3萬元的罰款，但會等量核減其下一年度碳排放配額。曾在征求意見稿第四十六條出現的“聯合懲戒”條款（對違反本辦法第四十三條至第四十五條規定而被處罰的重點排放單位，省級生態環境主管部門應當向市場監管、稅務、金融等管理部門通報有關情況，并予以公告）并沒有在管理辦法中出現，有待后續相關政策的補充。