管理辦法第十六條提到，“省級生態環境主管部門確定碳排放配額后，應當書面通知重點排放單位。重點排放單位對分配的碳排放配額有異議的，可以自接到通知之日起七個工作日內，向分配配額的省級生態環境主管部門申請復核；省級生態環境主管部門應當自接到復核申請之日起十個工作日內，作出復核決定。”此舉相比征求意見稿，明確了對主管部門接到申請后反饋的時間要求，提升主管部門的辦事效率，使企業利益得到進一步保障。但企業需要對書面通知的查收保持高度關注，一旦錯過了七個工作日的有效期限，將不再有配額調整的申請機會。

此外，如果企業對核查結果有異議，在被告知核查結果之日起七個工作日內，也可申請復核，時間要求與上述皆為一致，具體可參見管理辦法第二十七條。