一是全市范圍內(nèi)實(shí)施的一致性稅額對(duì)主體功能區(qū)空間需求差異考慮不足。根據(jù)規(guī)定，2018年~2020年，重慶對(duì)全市氣體污染物和液體污染物分別征收2.4元和3元每當(dāng)量的環(huán)保稅稅額；從2021年起，對(duì)全市氣體污染物和液體污染物分別征收3.5元和3元每當(dāng)量的環(huán)保稅稅額。然而，重慶市內(nèi)不同主體功能區(qū)功能定位不同，區(qū)域內(nèi)的經(jīng)濟(jì)發(fā)展水平、人口分布狀況以及生態(tài)環(huán)境保護(hù)能力等區(qū)情迥異。當(dāng)前，在全市范圍統(tǒng)一征收的一致性稅額，實(shí)際上是沒(méi)有考慮主體功能區(qū)空間需求差異的“一刀切”式環(huán)保稅。這種“一刀切”式的環(huán)保稅，不利于從區(qū)域?qū)用鏍I(yíng)造公平的稅收環(huán)境，不同主體功能區(qū)以及區(qū)域內(nèi)的企業(yè)應(yīng)對(duì)措施就顯得參差不齊，且主體功能區(qū)之間的板塊聯(lián)動(dòng)、資源配置優(yōu)化和整體效能的發(fā)揮受到了極大影響。例如，重慶主城、渝西片區(qū)及渝東南片區(qū)承擔(dān)著不同主體功能區(qū)的發(fā)展定位和發(fā)展任務(wù)，而現(xiàn)行環(huán)保稅稅額的設(shè)定未考慮此類(lèi)區(qū)域發(fā)展戰(zhàn)略定位差異，拉大了區(qū)域綠色發(fā)展差距。

二是流域一體化視角下環(huán)保稅制度設(shè)計(jì)的協(xié)同機(jī)制不完善。我國(guó)現(xiàn)行環(huán)保稅由中央政府立法，地方政府根據(jù)各地情況自行制定本省市具體稅額，因而往往忽視了環(huán)保稅在跨省級(jí)行政區(qū)域尤其是跨省級(jí)流域上的協(xié)同合作。如三峽庫(kù)區(qū)范圍主要涉及重慶和湖北兩地，從全流域視角來(lái)看，隸屬重慶和湖北兩地的三峽庫(kù)區(qū)實(shí)際上是一個(gè)不可分割的完整地理單元。然而，上述區(qū)域現(xiàn)行環(huán)保稅皆以傳統(tǒng)行政區(qū)為基本單元，環(huán)保稅額標(biāo)準(zhǔn)各異。

其中，重慶對(duì)全市氣體污染物和液體污染物分別征收2.4元和3元每當(dāng)量的稅額；湖北則對(duì)全省廢氣中的二氧化硫和氮氧化物征收2.4元每當(dāng)量的稅額，其余氣體污染物征收1.2元每當(dāng)量的稅額，廢水中的化學(xué)需氧量、氨氮、總磷和5項(xiàng)主要重金屬征收2.8元每當(dāng)量，其余液體污染物征收1.4元每當(dāng)量的稅額。重慶是保障三峽庫(kù)區(qū)補(bǔ)水和水質(zhì)的關(guān)鍵地段，與湖北省相比，重慶環(huán)保稅在污染物稅額和污染物細(xì)化層面上都與重慶特殊區(qū)情不太相稱(chēng)，不利于推進(jìn)流域整體性的生態(tài)環(huán)境治理。

三是全市環(huán)保稅對(duì)特殊污染物稅額設(shè)定缺少精細(xì)化。重慶現(xiàn)行環(huán)保稅僅按氣體污染物和液體污染物的總體排放量征稅，未加以細(xì)化分類(lèi)。由于不同類(lèi)型的氣體污染物和液體污染物對(duì)環(huán)境的破壞作用不盡相同，這種相對(duì)單一的稅種設(shè)定不利于分類(lèi)施策和精準(zhǔn)治理。以上海、天津和湖北等地為例，不僅分別對(duì)二氧化硫、氮氧化物、化學(xué)需氧量和氨氮等進(jìn)一步細(xì)化了環(huán)保稅種，且對(duì)環(huán)境破壞較大的氣體和液體污染物設(shè)置了更高的稅率。當(dāng)前，相對(duì)粗放型和籠統(tǒng)化的環(huán)保稅，在很大程度上避開(kāi)了越來(lái)越占據(jù)污染來(lái)源絕大多數(shù)的特殊污染物。