有人提出，環保稅的目的是保護環境，那么稅率的設定就應該加大企業污染環境的成本，使環保稅真正發揮功能。所以，稅率的設置應在現行排污收費基礎上適當提高，倒逼企業技術改革與創新。
對此，財政部財政科學研究所副所長蘇明曾表示：“盡管收費標準提高了一倍，但是還遠遠達不到環境治理的成本。二氧化硫和氮氧化物排污費不低于每污染當量1.2元，我們做過測算，治理的成本在每當量3元到3.4元。以后能否提到3元以上還比較困難。”“收費標準提高一倍為下一步環保稅出臺奠定了非常好的條件。建議環保稅率最低點在現在的收費標準之上，以后隨著社會接受程度的提高再把稅率逐步提高?！?/div>
目前，全國實行污染物排放總量控制制度，由省級政府負責分解落實。當前的排污費，各地區間也因經濟發展情況不同而存在收費標準的差異。這種情況下對于環保稅稅率的設定，是進行區域差異設定還是“一刀切”？
對此，財政部財政科學研究所研究員許文建議，環保稅稅率水平初期可考慮在現行已提高的排污費收費標準基礎上維持不變，其后再逐步提高到超過污染治理成本。在上述稅率下限的基礎上，應允許各地根據自身的實際情況確定各地區的具體稅率水平。環保稅收入在納入一般公共預算統籌管理后，應積極用于支持治理環境污染，加大財政對環境保護的投入力度。
除了這些考量，例如，對一些綠色低碳企業和積極研發
節能減排、進行技術升級改造的企業給予一定的稅收優惠，對排放超標的企業適用較高的稅率，都可以讓環保稅真正起到“懲惡揚善”的作用。
