增值稅是對在我國境內銷售貨物、提供加工、修理修配勞務以及進口貨物的單位和個人就其實現的增值額為征稅對象征收的一種稅。增值稅在環境保護方面的作用主要體現在對利用廢棄物進行生產的企業和產品采取低稅率或者免稅的優惠政策上，主要包括：

       第一類是資源綜合利用產品的稅收優惠。具體表現在鼓勵廢物、廢氣和廢料綜合利用方面：（1）對企業生產原料中摻有不少于30%的煤殲石、石煤、粉煤灰、燒煤鍋爐的爐渣（不包括高爐水渣）的建材產品，包括以其他廢渣為原料生產的建材產品免征增值稅。（2）對企業以“三廢”和廢橡膠為原料生產加工的綜合利用產品實行增值稅即征即退政策。（3）對油母頁巖煉油、垃圾發電和廢舊瀝青混凝土回收利用實行增值稅即征即退政策。（4）對綜合利用煤研石、煤泥、煤系伴生油母頁巖等發電、風力發電、部分新型墻體材料產品實行增值稅減半征收政策。

       第二類是廢物處理的稅收優惠。具體表現在：（1）對廢舊物資回收經營單位銷售其收購的廢舊物資免征增值稅。（2）生產企業增值稅的一般納稅人購入廢舊物資回收經營單位銷售的廢舊物資，可按10%計算抵扣進項稅額。

       第三類是對進行清潔生產設備投資稅收減免優惠政策。具體表現在對列入《當前國家重點鼓勵發展的產業、產品和技術目錄》、對環境保護和資源綜合利用具有重要意義的產業、產品，如安全、高效的農藥原藥新品種、廢氣、廢液、廢渣綜合利用、環保檢測儀器新技術設備制造、環境污染治理工程及監測和治理技術、防護林工程、荒漠化防治等，在規定范圍內免征進口設備的關稅和進口環節增值稅。

       第四類是污水處理。對各級政府及主管部門委托自來水廠（公司）隨水費收取污水處理費，免征增值稅。

       總體來看，通過稅收的優惠政策能夠促進企業對廢棄物的合理處理和再利用，但是也存在著不足，如：對生產金、銀產品的銷售收入免征增值稅的規定和對農膜、劇毒農藥免征增值稅規定不利于環境資源的保護，因當及時取消。