然而，環保稅之所以多年來都沒能成形、落地，背后存在的各種爭議，以及落地后可能衍生的各種問題，讓相關部門及業界顧慮重重。

首先，對于爭議了多年的二氧化碳是否應納入環保稅征稅范圍一事，目前業界仍無定論。馬軍表示，本次征求意見稿對此爭議先采取了避開的策略，應該是考慮到要確保環保稅能順利完成立法并開征。

其次，目前排污費相關制度已有較為完備的法律法規框架，一旦費與稅之間融合或過渡，還需要解決很多后續問題。“費改稅后，地方原本能夠較自由支配的排污費收入就需要重新分配，環保稅帶來的財政收入肯定有一部分是要承擔‘大氣十條’、‘水十條’財政支出的，但也不能因此忽略了地方環保執法需要的支出，這種分配如何平衡還是需要反復論證的。”馬軍表示，此外，目前我國減稅是大趨勢，在這種情況下增加稅種，需要化解來自企業的阻力，就要與現有的各項稅收協調，增加企業排污成本的同時，也不能帶來過重的稅收負擔。

不過整體來看，社會對于開征環保稅的支持態度還是非常明確的。“征收環保稅，不僅是環保產業的利好，也為更寬泛的綠色產業提供更多機會。”中國人民大學生態金融研究中心副主任、環境學院教授藍虹舉例稱，國外的碳稅增加了化石能源的成本，在固定的市場需求下，意味著新能源相對便宜。通過稅收調節，將需求引向生產過程更加清潔的產品，是經濟新常態的增長點。