目前，在一些國家和地區，碳匯交易的運作已相對成熟，主要的碳匯市場有：歐盟碳市場、澳大利亞新南威爾士碳市場、芝加哥氣候交易所、英國碳市場等。同時，碳匯交易的一些問題也逐漸暴露。

　　首先，碳匯交易過程中可能會有一些企業囤積碳信用，導致碳信用的流通不暢。造成這一現象可能有以下幾點原因。第一，一些企業認為碳信用仍有升值的空間，于是視其為投資的工具。企業有這樣的期待并非無根據，例如“二氧化碳價格在2008年中曾飆升到峰值，接近30萬歐元” [7]，在中國的排污權交易中也出現了類似情況，2002年200元每噸的排污權三年后竟升至600元左右[8]。第二，由于碳信用實行初始分配制度，大型的資歷較深的企業往往獲得的配額較多，因此他們很可能利用囤積碳信用造成壟斷局面，阻礙市場競爭。[9]第三，由于擔心之后對環境總量的控制越來越嚴格，獲得碳信用越來越困難，一些企業考慮到自身未來的發展，可能放棄出售多余的碳信用進行盈利而選擇儲存碳信用。

　　第二，初始碳信用應如何分配。1990年美國頒布了《清潔空氣法修正案》，其中提出了三種分配方案：公開拍賣、固定價格和免費分配，最后美國采取了免費分配的方式。歐盟也同樣采取了同樣的方式。[10]但免費分配方式似乎對于排放量本來就少的企業或新設立的企業并不公平，因為排放量大的企業憑借其“高污染”反而獲得了較多的配額。免費分配也使得企業的一部分排放是在未支付對價的情況下取得的，仍是將這部分的生產成本外化，仍未達到權力與義務的統一。不僅如此，分配的權利使得相關政府官員又增加了一個設租尋租的途徑。當然，固定價格和公開拍賣也存在各自的缺陷，例如會增加企業的交易成本、容易造成信息的不對稱等。因此，初始的份額如何分配才能既公平又具有效率仍是個值得探討的問題。

　　第三，碳信用可能提高了相關行業的市場準入門檻。今后企業是否具有一定的碳信用可能成為其能否進入該行業的一個指標。新企業無法得到初始分配，若其在交易市場上又無法購得法定指標，那么該企業很可能無法進入該行業。長遠地看，這將不利于相應市場競爭和發展。